Het overgrote deel van de Molukse gemeenschap in Nederland zijn aanhangers van het protestantisme. Een klein gedeelte is verbonden aan de pinkstergemeente, het katolicisme en de islam. Wat de Molukse gemeenschap in Breda betreft is ruim 90% protestant. Ten behoeve van drie Molukse protestantse kerkgenootschappen in Breda staat sinds de jaren zestig het kerkgebouw Immanuel in de Molukse wijk. Het betreft de kerkgenootschappen Geredja Injili Maluku, Geredja Protestant Maluku di Belanda en Geredja Protestant Maluku di Belanda Maart 53.
- Molukse kerkgenootschappen
Na de aankomst in Nederland in 1951 werden door de legerpredikanten een Molukse kerkgenootschap opgericht. Vanwege politieke en persoonlijke wrijvingen en dus niet zozeer vanwege leerstellige kwesties is door de jaren heen de Molukse kerkgemeenschap diverse malen opgedeeld. Op dit moment bestaan er in Nederland zeven Molukse protestantse kerkgenootschappen. In Breda zijn er drie kerkgenootschappen. Als gevolg hiervan worden de kerkdiensten gerouleerd gehouden en wel om 9.15 uur, 11.00 uur en 13.00 uur.
De kerkdiensten worden zowel in het Nederlands als in het Maleis gehouden. De preek in het Maleis uit het moederland wordt ten behoeve van de jongeren soms integraal vertaald, maar meestal wat korter samengevat. In de liturgie zingt men de in het Maleis vertaalde psalmen en gezangen van de oude hervormde kerk. De muzikale belegeleiding gebeurt soms door middel van een orgel, maar over het algemeen door middel van een fluit- of blaasorkest. Daarnaast heeft elk Molukse kerkgenootschap in Breda een of meer kerkelijke zangkoren.
In de prediking is het streven erop gericht het Evangelie voluit te laten klinken en dit gekoppeld aan een toepassing voor het leven van elke dag. Molukse ouders laten hun kinderen op jonge leeftijd de Heilige Doop (Serani) ondergaan in de aanwezigheid van de gemeente. Zij verkrijgen hierbij door de ouders gekozen doopouders: Papa Serani en Mama Serani genoemd. Na het volgen van drie jaren catechisatie kunnen jongeren vanaf hun achtiende een openbare geloofsbelijdenis (Sidi) afleggen, waarna ze tot het besloten Heilig Avondmaal (Perdjamuan) worden toegelaten. | 
